在《清明上河图密码》中，剧情反转不断。祥瑞浮尸案与十五年前李言被害案之间存在着千丝万缕的联系。原来，萧逸水是来为父报仇的，而狄伦暴露得实在有些太快。顾震的真实身份也随之曝光，他竟是李言的兄弟，同样也是为李言报仇而来。这一系列的事件，仿佛是一场因果循环，一切的根源都指向十五年前的李言案。然而，顾震行事还是过于冲动。按理说，应该先让狄伦交代出幕后之人再动手，可现在人已经死了，后续的调查恐怕会更加困难。

故事从甘亮的死开始，赵不尤察觉到妻子温悦的异常，随后又发生了祥瑞浮尸案。为了替妻子打掩护，赵不尤加入到查案之中。赵墨儿证明了祥瑞是人为假造的，而赵瓣儿在发现温悦的字条后，也察觉到了不对劲的地方。赵不尤结合送餐的竹商萧逸水以及他们所察觉到的萧姓人等线索，从茯苓娘子那里得到了萧逸水的行踪。与此同时，顾震他们通过调查猪头、猪商，再到樊楼，从而查到萧逸水的踪迹。

十五年前，有人雇佣温悦的师傅去杀害李言，温悦也参与了这次行动。然而大理寺的行动太过迅速，最终只有温悦逃了出来。之后，她结识了赵不尤，并在东京一起生活。后来，又有人雇佣水匪杀李言，并且杀人灭口，李言案最终以流民报复贪官为由草草结案。萧逸水来到东京，就是为了找出幕后之人替父报仇，经过一番调查，他发现制造祥瑞与雇他父亲杀人的是同一个人。

萧逸水到达东京后，意外地发现温悦还活着。于是，他假扮竹商骗温悦会面。而甘亮得知温悦的身份，这也是萧逸水的手笔，他想要推温悦一把，顺便试试她的身手。萧逸水以她一家人的命相威胁，要求温悦替他拿到李言案的卷宗。可惜的是，卷宗早已被烧毁。无奈之下，温悦只能只身前往樊楼赴约。

温悦和萧逸水会面时，被顾震他们撞了个正着。赵不尤赶紧以捉奸为由化解了这场危机，这一突如其来的举动成功地转移了顾震的注意力。就在这时，房间里还有一具尸体。就在顾震即将发现的时候，狄伦赶了过来，这场危机才得以化解。

大危机解除后，温悦、赵不尤与萧逸水之间的事情还没有得到妥善解决。赵不尤差点被活埋，温悦也险些被杀。幸好赵不尤脑子聪明，记住了李言案卷宗的相关内容，将矛头引向了罗准。随后，萧逸水便去找罗准查幕后之人了。

温悦害怕自己牵连家人，闹着要离开。赵不尤为妻子买马时，发现了制造祥瑞的外邦人。救下他后，根据他提供的线索，推测出狄伦就是假造祥瑞之人。然而，狄伦的人还是杀了那个外邦人，导致赵不尤又没有了人证。赵不尤知道了狄伦的身份后，狄伦自然也不会放过这对夫妻。狄伦试探出萧逸水是水匪，但他并没有打草惊蛇，而是想要引出幕后之人。毕竟，一个水匪不可能知道他制造祥瑞的事情，这背后肯定还有一股势力。

赵不尤将自己得到的线索告诉了顾震，他打算以身犯险引狄伦说出幕后之人。温悦赶忙去救他，夫妻俩差点被活活烧死。幸好顾震他们及时出现，原来这一切都是他们设的局。可惜顾震知道李言是狄伦害死的，一时冲动之下，手起刀落，狄伦的头颅就被割了下来。这下线索断了，该去查谁呢？